Я выполнил ваш код со следующими утверждениями:
public static void main (String[] args)
{
XMLCreater x = new XMLCreater();
String[] s = {"A","B","C"};
try
{
x.CreateXMLDoc("k","root",s,s);
x.CreateXMLDoc("k","root",s,s);
x.CreateXMLDoc("fakih","root",s,s);
}
catch (TransformerConfigurationException exception)
{ exception.printStackTrace(); }
}
И он прекрасно перезаписывает существующие файлы, никаких проблем с перезаписью, проверьте сами.