Вы пытались указать размер содержимого поповера?
т.е.
self.popoverController.popoverContentSize = CGSizeMake(400, 500);
Я обнаружил, что, хотя popover'ы «предполагают» подгоняться под соответствующий размер в зависимости от контроллера представления контента, это не всегда работает так, как должно.