Чтобы заменить только десятичные запятые в этой строке:
Total,"14333,374","1243750945,5","100,00%","100,00%","100,00%",1 639 600,"100,00%"
Я использовал обратные ссылки (и MacOSX, поэтому мне нужна опция -E):
echo 'Total,"14333,374","1243750945,5","100,00%","100,00%","100,00%",1 639 600,"100,00%"' | sed -E 's/("[0-9]+),([0-9]+%?")/\1\.\2/g'
в результатев
Total,"14333.374","1243750945.5","100.00%","100.00%","100.00%",1 639 600,"100.00%"
Команда sed говорит: «Найдите каждую строку формы 'двойные кавычки digit_1, digit_2, затем один или ноль%, двойные кавычки' и замените ее first_match.second_match."