Для изменения N-го вхождения в строке вы можете использовать это:
$ echo foo bar foo bar foo bar foo bar | sed 's/foo/FOO/2'
foo bar FOO bar foo bar foo bar
Итак, все, что вам нужно сделать, это создать «однострочную» текст, например. используя tr
tr '\n' ';'
сделайте замену и затем снова конвертируйте ее в мультилинию, используя
tr ';' '\n'