Какую версию PHP вы используете? Начиная с 5.3, номера строк включены в вывод lint:
[charles@server ~]$ cat syntax_error.php
<?php
echo "This line is legal\n";
echo I'm a syntax error!\n;
echo "This line never gets reached.\n"
[charles@server ~]$ php -l syntax_error.php
PHP Parse error: syntax error, unexpected T_ENCAPSED_AND_WHITESPACE, expecting ',' or ';' in syntax_error.php on line 3
Parse error: syntax error, unexpected T_ENCAPSED_AND_WHITESPACE, expecting ',' or ';' in syntax_error.php on line 3
Errors parsing syntax_error.php
[charles@server ~]$
Ошибка появляется дважды, потому что она идет как к stdout, так и к stderr. Прошло долго времени с тех пор, как я работал с пакетными файлами в Windows, возможно, используемая вами версия выдает только ошибку на stderr, а пакетный файл отбрасывает вывод stderr?