Лично я бы использовал несколько баз данных, т.е. базу данных для каждого клиента.
Насколько я понимаю, все ваши клиенты будут использовать только экземпляр вашего приложения, поэтому эти экземпляры должны иметь свои собственные базы данных.
Если вы используете одну базу данных, вы создаете большую потенциальную угрозу безопасности. Один клиент, скомпрометировавший данные для входа на сервер БД, автоматически скомпрометирует данные всех ваших клиентов.
Также одна уязвимость безопасности (атака с использованием SQL-инъекции) может уничтожить данные всех клиентов (с несколькими базами данных у вас все еще может быть время исправить дыру в безопасности и выпустить патч до того, как все другие сайты будут атакованы).
Вы не хотите иметь армию из 1000000 сумасшедших клиентов вместо одного злого клиента.
Несколько баз данных также дают вам больше возможностей для балансировки нагрузки (вы можете распределить базы данных по нескольким серверам).