Я избавился от этого предупреждения в maven 3.0.1 со следующей конфигурацией сборки (я полагаю, что, возможно, файл web.xml добавлен в проект другими средствами и не должен быть упакован по умолчанию):
<project>
...
<build>
<plugins>
<plugin>
<groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
<artifactId>maven-war-plugin</artifactId>
<version>2.6</version>
<configuration>
<packagingExcludes>WEB-INF/web.xml</packagingExcludes>
</configuration>
</plugin>
</plugins>
</build>
...
</project>