Это будет зависеть от СУБД и, в некоторой степени, от объединенных таблиц, и разница, как правило, не будет измеримой. С ВНУТРЕННИМ СОЕДИНЕНИЕМ будет две копии общих столбцов; с ЕСТЕСТВЕННЫМ СОЕДИНЕНИЕМ будет только одна копия общих столбцов.
Если промежуточные результаты должны быть записаны на диск или отсортированы, будет больше данных для управления и немного больше данных, которые будут возвращены клиенту через соединение клиент-сервер, поэтому INNER JOIN может занять немного дольше, чем ЕСТЕСТВЕННОЕ СОЕДИНЕНИЕ. Если общие столбцы достаточно велики - например, поля длинных символов - эта разница в размере может быть значительной.
Разница во времени для подготовки двух типов объединения совершенно незначительна. Оба должны прочитать информацию обо всех столбцах обеих таблиц, участвующих в объединении, и обработка этих данных в значительной степени схожа.
Во время выполнения копирование данных для формирования промежуточных результатов может быть немного сложнее для ЕСТЕСТВЕННОГО СОЕДИНЕНИЯ - потому что вы не просто берете копию каждой строки - но вы не обязательно берете полную копию каждая строка для ВНУТРЕННЕГО СОЕДИНЕНИЯ также может быть незначительной. И, как и раньше, в совокупности для ЕСТЕСТВЕННОГО СОЕДИНЕНИЯ копируется немного меньше данных, поэтому у него есть небольшое преимущество.
Таким образом, в целом, ЕСТЕСТВЕННОЕ СОЕДИНЕНИЕ может быть немного быстрее, чем ВНУТРЕННЕЕ СОЕДИНЕНИЕ, но разница все же, вероятно, будет незначительной.