Этот ответ предоставил способ создания бинарного файла в Linux, есть ли такой удобный инструмент для Windows?
Попробуйте LordPE или PEBrowser.
Вы можете начать отсюда: http://www.phreedom.org/solar/code/tinype/, затем изменить один из файлов с помощью редактора PE (например, CFF Explorer).
Программно, в Python вы можете использовать pefile для чтения / записиструктура ПЭ.
Перекомпилировать эти инструменты в Windows? Не должно быть слишком сложно справиться с базовой средой cygwin или mingw.