Еще одна хорошая книга Джона Чемберса: «Программирование на основе данных: руководство по языку S».Как следует из названия, на самом деле речь идет о S, а не R, но в любом случае он предоставляет много ценной информации о классах S4.
В руководствах по R "Запись R-расширений" и "R Internals" также есть некоторая информация.(особенно последний).Их можно найти по адресу http://cran.r -project.org / doc / manual / / .
Наконец, я бы порекомендовал "Как работают методы S4" , чтоотличный обзор того, как думать о S4, как он вписывается в R.