Оболочкой Cygwin по умолчанию является bash, поэтому ...
Попробуйте эту командную строку, заменив $ DIR каталогом, в котором вы хотите выполнить указанное преобразование, и проверьте вывод:
find $DIR -type f -name '* *' | while read f; do d="${f%/*}"; f="${f##*/}"; echo mv "$d/$f" "$d/${f// }"; done
Если вы удовлетворены командами, которые будут выполняться, просто удалите эхо перед mv и повторите, чтобы выполнить фактическое переименование.Обратите внимание, что это будет переименовывать только файлы, но не каталоги.