Создайте пакетный файл, который запускает вашу программу, сохраните его в меню Пуск> Программы> Автозагрузка
например в win XP эта папка будет
C: \ Documents and Settings \ Все пользователи \ Пуск, Меню \ Программы \ Запуск или
C: \ Документы и настройки [ИМЯ ВАШЕГО ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ] \ Меню Пуск \ Программы \ Автозагрузка