Вам необходимо скачать и скомпилировать последнюю версию библиотеки SharpZipLib, чтобы вы могли использовать
entry.IsUnicodeText = true;
вот ваш фрагмент (слегка измененный):
FileInfo file = new FileInfo("input.ext");
using(var sw = new FileStream("output.zip", FileMode.OpenOrCreate, FileAccess.ReadWrite))
{
using(var zipStream = new ZipOutputStream(sw))
{
var entry = new ZipEntry(file.Name);
entry.IsUnicodeText = true;
zipStream.PutNextEntry(entry);
using (var reader = new FileStream(file.FullName, FileMode.Open, FileAccess.Read, FileShare.ReadWrite))
{
byte[] buffer = new byte[4096];
int bytesRead;
while ((bytesRead = reader.Read(buffer, 0, buffer.Length)) > 0)
{
byte[] actual = new byte[bytesRead];
Buffer.BlockCopy(buffer, 0, actual, 0, bytesRead);
zipStream.Write(actual, 0, actual.Length);
}
}
}
}