Вам нужно, чтобы это было, когда вызывается FileHandler или на статической веб-странице?
Если он находится на странице обработчика, где возвращается тип контента, то в соответствии с последней документацией к выпуску WatiN вы можете сделать следующее:
using(IE ie = new IE(someUrlToGoTo))
{
FileDownloadHandler fileDownloadHandler = new FileDownloadHandler(fullFileName);
ie.AddDialogHandler(fileDownloadHandler);
ie.Link("startDownloadLinkId").Click();
fileDownloadHandler.WaitUntilFileDownloadDialogIsHandled(15);
fileDownloadHandler.WaitUntilDownloadCompleted(200);
}
Пол