У меня была похожая проблема при просмотре всей истории SCM (в данном случае Subversion) при просмотре вкладки «Репозитории» в Organizer из XCode 4.02, где я мог видеть только ревизии для выбранной папки на панели «Журнал» и ревизии из subкаталоги не будут отображаться.
Чтобы увидеть полную историю (т. е. визуальный эквивалент 'svn log' в проекте), вам нужно выбрать либо Корень репозитория (фиолетовый значок), либо Ветвь (желтый)иконки) для вашего проекта.
После выбора любого из этих значков на панели истории теперь должны отображаться все ревизии, включая ревизии в подкаталогах, которые иначе не отображались бы, если на левой панели выбрана рабочая копия (синий значок).