Когда вы используете апплет, не перепрыгивая через основные циклы, вы не сможете получить доступ к более низким графическим уровням, поэтому вы не сможете использовать библиотеки связывания OpenGL, такие как jogl, который может быть серьезной проблемой, в зависимости от того, что вы пытаетесь сделать.
Вы также будете испытывать значительные штрафы за загрузку, если будете использовать что-то вроде Java3D в апплете.
Что вы пытаетесь сделать, что привело бы к этому вопросу?
Какой-то контекст поможет вам получить лучшие ответы.