Mercurial / TortoiseHG интегрирован в Visual Studio?т.е. вы можете проверить / отправить изнутри VS?
Если это так, если вы щелкните правой кнопкой мыши на имени проекта и выберите «Добавить решение в систему управления версиями», он должен добавить те части проекта, которые он должен игнорировать всееще.