У меня была такая же проблема.
у вас работает привязка переадресации?
Я пробовал так, но ничего не изменилось:
<assemblyBinding xmlns="urn:schemas-microsoft-com:asm.v1">
<dependentAssembly>
<assemblyIdentity name="Antlr3.Runtime" publicKeyToken="3a9cab8f8d22bfb7" culture="neutral" />
<bindingRedirect oldVersion="*" newVersion="3.1.3.6002" />
<publisherPolicy apply="no"/>
</dependentAssembly>
</assemblyBinding>
Та же ошибкаПоявилось.
Поэтому я решил пойти с решением о добавлении старой версии сборки Antlr3.Runtime в gac.Теперь работает отлично.