Вот рабочий пример
По сути, вы должны быть осторожны с такими вещами. Если вы возьмете существующую функцию javascript, превратите ее в строку и оцените ее, у вас могут возникнуть проблемы с переопределением функции. Если вы просто берете строку функции с сервера и хотите запустить ее, вы можете сделать то же, что и я, для этого jsfiddle:
Javascript
var myFunc = "function test() {alert('test');}";
$(document).ready(function() {
var data = new Object();
data.func = myFunc;
var jsonVal = $.toJSON(data);
var newObj = $.evalJSON(jsonVal);
eval(newObj.func);
test();
});