Сначала проверьте зависимости пустого плагина. Может быть, вам не хватает добавить плагин, который не загружается во время выполнения.
Если у вас есть зависимости в вашем плагине, проверьте, какая версия плагинов используется.
Какую версию Java вы определили в своем плагине? Это выше, чем версия, которую вы используете во время выполнения?
Ваш плагин загружает библиотеки DLL? если так, проверьте, может ли DLL быть найдена во время выполнения.
Edit:
#
Верстак еще не создан.
#
в org.eclipse.ui.PlatformUI.getWorkbench (PlatformUI.java:92)
#
в org.eclipse.mylyn.internal.monitor.ui.MonitorUiPlugin.start (MonitorUiPlugin.java:145)
Что вы определили в методе запуска Активатора?
Получается, что вы используете верстак, который еще не создан.