Используйте скрипт apc.php, чтобы увидеть использование памяти.Вы должны оставить 20% свободной памяти (в нерабочее время).
Используйте параметр apc.shm_size для увеличения памяти.Не стесняйтесь давать ГБ на большом сервере.Если вы не можете увеличить размер сегмента, увеличьте номер сегмента.