Есть 2 функции, которые делают это проще:
1) Щелкните правой кнопкой мыши по проекту и выберите «Параметры отображения» -> «Показать все файлы». Затем вы можете щелкнуть правой кнопкой мыши файлы, которых нет в проекте, и выбрать «Включить в проект».
2) В параметрах проекта включите «Поиск новых файлов при загрузке», затем перезагрузите проект.
В MonoDevelop 2.6, который еще не выпущен, у нас есть команда «Добавить файлы из папки», которая рекурсивно ищет структуру папок и позволяет выбрать, какие файлы добавить.