Coverage.py имеет API , который можно использовать для запуска и остановки измерения покрытия по мере необходимости.
Я не уверен, как вы вызываетеваш Python-код из вашего Java-кода, но, попав в Python, вы можете использовать cover.py для измерения выполнения Python, а затем получать отчеты о результатах.
Напишите мне, если вам нужна помощь.