XLS - это двоичный формат. Если вы видите HTML-таблицы в содержимом файла, это означает, что вы, вероятно, неправильно загрузили файл.
Как файл XLS загружается через Watir? Вам нужно автоматизировать окно загрузки файла или вы просто перешли по ссылке на файл XLS и записали содержимое в файл?