Он должен быть частью Windows SDK версии 6 или выше, расположенного где-то вроде ...
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v6.0A\Bin\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v6.0A\Bin\x64\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v7.0A\Bin\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v7.0A\Bin\x64\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v7.1\Bin\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v7.1\Bin\x64\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v8.1A\bin\NETFX 4.5.1 Tools\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v8.1A\bin\NETFX 4.5.1 Tools\x64\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v10.0A\bin\NETFX 4.6 Tools\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v10.0A\bin\NETFX 4.6 Tools\x64\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v10.0A\bin\NETFX 4.6.1 Tools\CorFlags.exe
%ProgramFiles%\Microsoft SDKs\Windows\v10.0A\bin\NETFX 4.6.1 Tools\x64\CorFlags.exe
Если вы не видите его и у вас есть 64-битная система, также проверьте %ProgramFiles(x86)%
.