Вы не можете использовать синтаксис $("<newElem/>")
- он создает новый xml dooc из корня, следовательно, xmlns.
Вам необходимо использовать не-jQuery plain-javascript метод createElement ():
var el = xmlDoc.createElement(childname); // Create non-jq element
el = $(el); // jQuery-ize it
el.appendTo(xmlDoc); // Append using jq object
И, пока я на этом, если вы добавляете к узлу jQuery-XML, который не является документом, используйте
var el = parent.context.createElement(childname);