Скорее всего, вам необходимо разработать приложение, чтобы добиться этого с самого начала.
Мы используем наш собственный фреймворк (построенный прямо на Win32) и имеем один vcproj и sln, предназначенный для нескольких платформ, включая Windows Mobile и Win32, на рабочем столе ...
Так что я могу ручаться, что это достижимо. Подвох в том, что мне пришлось вручную кодировать наши файлы vcproj;) Microsoft не разрешает это в мастерах ...
Очевидно, что MFC на CE теперь намного ближе к настольному аналогу, так что это может сделать его намного проще.