Выбор ROI довольно прост, если у вас есть набор инструментов для обработки изображений. Есть много способов сделать это, но я рекомендую использовать функцию roipoly. Просто напишите:
BW = roipoly(I);
где я ваше изображение. Затем вам будет предложено выбрать баллы для вашей ROI. Выходное значение BW будет двоичным изображением со значением 1 внутри области интереса и 0 снаружи.
Для получения дополнительной информации смотрите:
http://www.mathworks.com/help/toolbox/images/ref/roipoly.html
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Вы можете использовать функцию imrect для создания прямоугольных областей интереса. Обратите внимание, что эта функция работает на текущих осях, поэтому вам нужно использовать imshow, прежде чем сразу. Выходные данные функции - это дескриптор roi, поэтому вам нужно использовать функцию createMask, чтобы получить двоичное изображение.
imshow(I);
h = imrect;
BW = createMask(h);
http://www.mathworks.com/help/toolbox/images/ref/imrect.html