Если вы используете заголовки хоста в IIS и каждый поддомен находится на своем собственном сайте, то, если он совпадает с заголовком хоста, он будет переходить на этот сайт, прежде чем попадет на ваш корневой сайт.
Если вы фактически запускаете их все на одном сайте IIS, то вы можете использовать перезапись URL для перенаправления поддоменов в папки (например, site.domain.com -> domain.com/site).
I'mне совсем понятно формулировку вашего вопроса, но похоже, что заголовки хоста, о которых я упоминал вначале, вызывают ваши проблемы.Если они действительно являются разными сайтами IIS, убедитесь, что заголовки узлов установлены правильно, и они не удаляются / не изменяются каким-либо балансировщиком нагрузки, прокси-сервером или любым другим блоком, который находится перед вашим веб-сервером.