Infragistics - одна из тех компаний, чья среда выполнения состоит из загрузки COM-библиотек, и они не предоставляют никакого переадресации во время выполнения, будь то EXE / MSI или MSM (модуль слияния).
Вы ориентируетесь только на Windows XP и выше? Если это так, я лично развернул бы все библиотеки DLL в вашем приложении напрямую и использовал бы регистрацию COM-Free через манифесты, чтобы вам не приходилось писать в реестр и рисковать конфликтовать с другим приложением. В основном, когда ваш EXE-файл запущен, Windows просматривает манифест и виртуализирует информацию COM, позволяя вашему процессу совершать необходимые вызовы COM.
InstallShield 12+ имеет мастера, который поможет создать это.
http://kb.flexerasoftware.com/doc/Helpnet/installshield12helplib/IWPRegFreeComWiz.htm
Если вам по-прежнему требуется поддержка Windows 2000 или у вас есть требования, которые делают вышеописанное невозможным, я хотел бы установить файлы в System32 в качестве постоянных компонентов и извлечь метаданные COM в ваш MSI. Мастер компонентов поможет вам настроить это.