Вы должны добавить ссылку на проекты, которые требуются, но не копируются в папку bin. VS более снисходительно относится к ссылкам, чем MSBuild. Если у вас есть 3 проекта A, B и C. Ссылки B и B ссылаются на C, то вы должны добавить ссылку на B и C в проекте A.