Есть много способов автоматизировать сборку.Один из способов, который я использовал для вас, - использовать NAnt вместо MSBuild.У Нанта есть задача csc, которую вы можете использовать.(CSC.exe является самим компилятором csharp)
<csc target="library" output="yourbuildpath\yourproject.dll" debug="${debug}">
<sources>
<include name="**\*.cs" />
<exclude name="**\AssemblyInfo.cs" />
</sources>
<references>
<include name="lib\*.dll" />
</references>
</csc>
Таким образом, вы создаете все, что имеет расширение .cs, а не файл csproj или slnВсем разработчикам рекомендуется размещать ссылочные сторонние dll в известной папке lib.Я использовал это только с проектами Class Library и Web Application , я не уверен, что это так же просто с Website projects.