Flash может вызывать ExternalInterface, оттуда у вас есть доступ ко всему, что вы можете сделать в javascript. Вы не сможете гарантировать какую-либо структуру на странице (например, jQuery), поэтому вам придется придерживаться вызовов DOM ...
Теперь объем доступа, который будет иметь Javascript, - это другой вопрос, поскольку он зависит от рекламной сети и от того, как файлы встроены в страницу.