Процесс, который создает и заполняет окна, никогда не должен запускаться как служба. При этом, если это на Win2K3 или более ранней версии, установите службу для взаимодействия с рабочим столом, и вы сможете увидеть ее содержимое самостоятельно. Если это на Vista или позже, нет способа проверить содержимое произвольного окна.
Если это окно определенного типа (например, элемент управления EDIT), которое поддерживает извлечение его содержимого, вы можете запустить другую службу, которая отправляет сообщение Windows первой службе, чтобы получить то, что вы хотите.