Ваш первый вариант намного проще (что делает вложенные таблицы не сортируемыми):
Создайте таблицу примерно так:
$('.tablesorter').tablesorter({selectorHeaders: '> thead > tr > th'});
И тогда вы можететакже необходимо поставить префикс для всех ваших css что-то вроде:
table.tablesorter > thead > tr > ...