Вы имели в виду weka-src.jar ?Если это так, то здесь приведены инструкции по компиляции с NetBeans: http://weka.wikispaces.com/Netbeans+6.0+%28weka-src.jar%29
Похоже, что инструкции относятся к NetBeans версии 6.0, но быстрый просмотр скриншотов создает у меня впечатление, чтоих инструкции довольно общие и должны более или менее работать для более поздних версий, таких как 6.9.
Важно отметить, что weka-src.jar является сжатым файлом, очень похожим на zip-файл.Вам нужно извлечь файлы исходного кода из файла .jar, прежде чем что-либо будет скомпилировано.