Улучшение ответа Марка Б.:
$fixed_text = preg_replace("\n(\s*\n)+", "\n", $text_to_fix);
, который должен соответствовать начальному символу новой строки, затем по крайней мере одной группе из любого количества пробелов, за которой следует символ новой строки, и заменить все на новую строку.