Если вы не хотите, чтобы определенные файлы включались в ваш вывод Doxygen, вы можете использовать директиву EXCLUDE_PATTERNS. Один проект, над которым я работаю, использует
EXCLUDE_PATTERNS = */test/*
чтобы не включать наши классы юнит-тестов в вывод Doxygen. Если у ваших автоматически сгенерированных COM-файлов есть какой-либо шаблон, вы можете исключить их следующим образом.