Возможно, у вас подключен плагин Jetty к предварительному тестированию интеграции, или, возможно, какой-то другой плагин привязан к фазе где-то в пакете через диапазон установки? Может быть, плагин cobertura? Плагины Jetty и Cobertura - и другие - создают новую сборку из основной сборки, чтобы выполнить часть своей работы. Это приведет к тому, что ваш подключаемый модуль, связанный с generate-sources, будет выполнен дважды. Решение будет отличаться в зависимости от того, какой плагин вызывает проблему.