php.ini читается, когда модуль PHP загружен в mod_php, FastCGI и FPM.В обычном режиме CGI файл конфигурации должен быть прочитан во время выполнения, потому что нет никаких предварительно обработанных процессов любого типа.
Я думаю, что единственное реальное преимущество запуска PHP как модуля внутри веб-сервера состоит в том, что конфигурация можетбыть прощеВы получаете гораздо лучшую производительность, когда запускаете его в режиме FastCGI или FPM и можете использовать многопоточный (или разветвленный) Apache, или когда вы можете полностью исключить Apache.