Зависит от того, что предлагают эти курсы.
Предполагается, что курс HPC охватывает некоторые модели параллельного программирования, такие как MPI, PGAS, OpenMP и т. Д., И что курс GPU охватывает CUDA и OpenCL. Я бы взялКурс HPC первым.Первое знакомство с одной из стандартных моделей параллельного программирования, безусловно, поможет в понимании моделей программирования GPU, таких как CUDA, для которых необходимо некоторое предварительное понимание модели параллелизма SMPD (Single Program Multiple Data).