Я еще не пробовал это ни в одном приложении ASP, но решение кажется независимым. Я использую это решение для нескольких сайтов PHP, и оно прекрасно работает. Моей целью было использовать переменную в веб-приложении. Я использую Windows Server 2008 R2. Решение можно найти по адресу:
http://learn.iis.net/page.aspx/686/setting-http-request-headers-and-iis-server-variables/
Используя IIS7 (или 7.5), с установленным модулем перезаписи URL, используйте его интерфейс «Управление переменными сервера». Вы можете создать новую переменную или разрешить установку / перезапись существующей переменной, используя правила перезаписи, которые вы создаете в файле конфигурации (web.config) для каждого сайта или уровня сервера.
Вы упомянули, что вам нужна другая переменная для пула приложений. В моем случае у меня есть свой пул приложений для каждого сайта.
Надеюсь, это полезно.