Я использую Apache Ant для сборки. Может быть, это излишнее, но вы можете автоматизировать все - минификацию (с помощью сторонних библиотек Java), архивирование, автоматическую вставку заголовка лицензии после минификации.
Если вы не знакомы с Ant (или java), тогда вам, вероятно, будет трудно прыгнуть прямо в него.
PS. Вот мое открытое souce расширение , которое использует Ant для сборки, вы можете проверить его (он копирует файлы в папку сборки, минимизирует, архивирует)