Все, что вы можете сделать с запутыванием, это заставить решительного хакера больше работать, чтобы позаимствовать ваш код или понять, как использовать ваш код. Вы не можете предотвратить это, если они определены.
Существует множество программ, которые де-минимизируют код, чтобы сделать его снова читаемым или отлаживаемым. Удаление всех значимых имен переменных и, очевидно, комментариев к коду, заставляет кого-то больше понимать код, но не мешает решительному хакеру сделать это.
Алгоритмы или коммерческие секреты, которые должны оставаться защищенными, должны не быть в javascript на стороне клиента, а должны выполняться на сервере, а результаты помещаются непосредственно на страницу или на страницу с помощью вызовов ajax.