Простой и общий способ сделать то, что вы просите, - это создать два независимых контроллера RootView и управлять их появлением в AppDelegate нового приложения с помощью presentModalViewController:animated:
.Каждый контроллер должен инкапсулировать то, что раньше делало одно приложение, действуя как его в appDelegate (и, возможно, вам нужно объявить его доступным глобально, если одно приложение получало доступ к своему appDelegate из многих классов).Другой способ - использовать UITabBarController, который обернет два RootViewController.