Класс System.Version очень прост, всего с несколькими свойствами; Build, Major, MajorRevision, ... и не более того. Если это соответствует вашим потребностям, и вы не обнаруживаете лишних свойств на вашем интерфейсе, я думаю, вы могли бы использовать его. Однако следует обратить внимание на то, что System.Version запечатан, поэтому, если в какой-то момент вы обнаружите, что он не соответствует вашим потребностям и вы захотите его расширить, вы не сможете.
Лично, с таким простым классом System.Version и отсутствием возможности расширения в будущем, я бы создал свой собственный тип.