Вы можете поместить специфичные для приложения файлы конфигурации в каждую папку приложения и затем ссылаться на них следующим образом в файле web.config:
<authentication configSource="auth.config"></authentication>
В каждом файле auth.config вы можете делать то, что вам нужно:
<?xml version="1.0"?>
<authentication mode="Forms">
<forms loginUrl="app1_login.aspx" timeout="60" name=".APP1" path="/app1" />
</authentication>