Я не совсем уверен, что понимаю ваш вопрос. Вы хотите инструмент, который отменяет устаревший код, на который все еще ссылаются? Любая IDE поможет вам в этом. Не автоматически, но удаление аннотации @Deprecated легко выполняется с помощью глобального запроса и замены. Конечно, после удаления неиспользуемого кода:
Если все, что вам нужно, это удалить неиспользуемый код, я использовал плагин eclipse ucdetector для этой цели в предыдущем проекте. Хотя он на самом деле не удаляет неиспользуемый код, он дает вам список методов, классов и констант, которые не имеют ссылок, так что вы можете удалить их самостоятельно. Это хорошая вещь.
Как вы указываете себе, есть некоторые классы / методы, которые могут показаться неиспользованными при использовании статического анализа. На мой взгляд, это делает невозможным автоматизировать эту задачу. Вам, кодировщику, придется анализировать каждый блок кода, который, как сообщается, не используется.
Если вам посчастливилось иметь отличное тестовое покрытие, другой вариант - использовать инструмент анализа покрытия кода, такой как cobertura, clover или emma.