Как вы используете команду nant и поддерживаете структуру каталогов? Это то, что я делаю, но копирует все файлы в один каталог.
<copy todir="..\out"> <fileset> <includes name="..\src\PrecompiledWeb\**\*" /> </fileset> </copy>
Попробуйте:
<fileset baseDir="../src/PrecompiledWeb"><includes name="**/*" />