Я не думаю, что есть подстановочный знак, который будет работать с подпапками, поэтому вы хотите использовать цикл для просмотра каждой подпапки и перемещения * .pdf;
FOR /R [your root folder path] %%G IN (*.pdf) DO move %%G [new path]
Команда после DO по своей сути находится в своих собственных кавычках.Если вы ожидаете пробелы в источнике или месте назначения, используйте двойные кавычки для их инкапсуляции, например:
FOR /R "source folder with spaces" %%G IN (*.pdf) DO move "%%G" "dest path with spaces"
ПРИМЕЧАНИЕ кавычки около %% G, они необходимы для команды перемещения вразрешите путь.
** РЕДАКТИРОВАТЬ: В ответ на принятый ответ, из командной строки Windows XP и Windows 7, соответственно:

Это показываетчто подстановочный знак не работает в путях, только для файлов в одном каталоге (например, C: \ folder * .files).Командная строка не работает рекурсивно, когда встречается с подстановочным знаком.